ULTIMOS AÑOS

La sanción por un pisotón al jugador alemán Lothar Matthäus que le inhabilitó por cinco años sin poder jugar competiciones europeas, propicia su salida del equipo madrileño en 1987 y su incorporación por el Club Deportivo Málaga por dos temporadas, a pesar de encontrarse el club en Segunda división y sumido en una grave crisis económica. Un prometedor proyecto deportivo de ascenso a Primera división ideado por el recién nombrado presidente Francisco García Anaya lleva al fuengiroleño al club malaguista junto a otros prestigiosos jugadores, como Esteban Vigo, y el entrenador Ladislao Kubala.

En su primera temporada en el Málaga, la 1987/88, el club cumple su objetivo y asciende a Primera división como campeón de Segunda, alcanzando Juanito la cifra de diez goles anotados. En su segunda temporada, la 1988/89, el equipo consigue una sufrida permanencia, y Juanito anuncia su retirada. Como anécdota, en su partido de homenaje, disputado entre el Málaga y un combinado de jugadores de la Liga, el torero Curro Romero le cortaría la coleta, simbolizando su retirada del fútbol como jugador.
Es entonces cuando Juanito se convierte en director deportivo del club malaguista, cargo que ejerce sin demasiado éxito en la temporada 1989/90, donde su gestión de la plantilla y fichajes resulta equivocada, y el equipo acaba descendiendo a Segunda División mediante promoción. Continuó en su cargo durante la temporada 1990/91, pero las malas relaciones con el presidente José Pardo y sus deseos, no atendidos por la directiva, de ser entrenador o incluso volver a vestirse de jugador para ayudar al Málaga a subir a Primera División, propician su salida del club en abril de 1991, para incorporarse al C.D. Los Boliches, donde juega cinco partidos en la Segunda División B.